Sredstva iz programa Europske unije dodjeljuju se isključivo za unaprijed isplanirane i razrađene programe/projekte, na temelju propisanih natječajnih postupaka. Opća metodologija koja se primjenjuje je metodologija upravljanja projektnim ciklusom (Project Cycle Management - PCM) Europske komisije. Komisija je 1993. godine izdala prvi priručnik o upravljanju projektnim ciklusom, a u ožujku 2004. godine izdana je njegova ažurirana verzija.

Upravljanje projektnim ciklusom je kombinacija koncepata, tehnika, instrumenata i praksi koje omogućavaju voditeljima projektnih ciklusa da postupno i detaljno vode različite projekte i programe kroz faze projektnog ciklusa kojih, po metodologiji PCM ima šest.

Upravljačke aktivnosti, odnosno, procedure za donošenje odluka koje se koriste tijekom životnog ciklusa projekta uključuju:

• Jasno definirane zadatke i odgovornosti u svakoj fazi projektnog ciklusa
• Uporabu kvalitativnih kriterija kao podrška procjeni i donošenju odluka
• Uporabu logičkog okvira i drugih alata kao podrška analizi elemenata projekta
• Uporabu standardiziranih obrazaca radi kvalitetne implementacije projekta